实验教学中心:船舶与海洋工程实验教学中心、控制工程实验教学中心、电气工程实验教学中心、水声工程实验教学中心、水声电子信息实验中心、计算机实验教学中心、机械工程实验教学中心、电工电子实验教学中心、经济管理实验中心、化学实验教学中心、材料实验教学中心、物理实验教学中心、数学实验教学中心、多媒体语言实验中心、人文社科实验中心以及国际合作教育实验中心。

国家级实验教学中心:船舶与海洋工程实验教学中心、物理实验教学示范中心、船舶动力技术实验教学示范中心、船舶导航与控制工程实验教学示范中心、电工电子实验教学示范中心以及工程训练中心。

部级重点实验室:船舶与海洋工程力学实验室、船舶与海洋工程特辅装置与系统实验室、船舶动力装置与系统实验室、船舶惯性技术及其导航设备实验室、先进制造技术实验室以及海洋综合技术工程研究中心。

省级重点实验室:船舶与海洋工程实验室、船舶惯性技术及其导航设备实验室、船舶动力技术实验室以及结构振动与声学技术实验室。

联合实验室:哈尔滨工程大学灾难预警与工程防御省重点实验室、哈尔滨工程大学发动机联合开发实验室、哈尔滨工程大学西门子先进自动化技术联合示范实验室、哈尔滨工程大学Xlilinx可编程系统联合实验室、哈尔滨工程大学欧姆龙实验室、哈尔滨工程大学ALTERA可编程逻辑器件培训中心、哈尔滨工程大学模拟仪器联合实验室、哈尔滨工程大学光传感器实验室、哈尔滨工程大学华为网络学院以及哈尔滨工程大学中兴联合网络创新实验室。