大类招生

海洋工程类（船舶与海洋工程、港口航道与海岸工程、海洋机器人），航空航天类（飞行器设计与工程、飞行器动力工程、工程力学、土木工程），能源动力类（能源与动力工程、轮机工程），自动化类（自动化、测控技术与仪器、电气工程及其自动化、探测制导与控制技术，机器人工程，人工智能），水声工程（水声工程、电子信息工程（水声）、海洋信息工程），计算机类（计算机科学与技术、信息安全），机械类（机械设计制造及其自动化、工业设计），电子信息类（电子信息工程、通信工程），工商管理类（工商管理、电子商务），材料类（材料科学与工程、化学工程与工艺）按大类招生，学生入学后可根据各专业类培养方案的相关要求，在类内选择专业方向。

转专业

学校在第二学期按照“转出无门槛，转入看考核”的方式组织学生转专业，由转入专业所属院系负责，获得转专业资格的学生第三学期进入新专业学习。（以特殊招生形式录取、国家有相关规定或者录取前与学校有明确约定的不得转专业）

主辅修制度

推行辅修学士学位制和辅修专业制，学生在修读主修专业的同时，可修读辅修学士学位或辅修专业课程，成绩合格取得相应学分者，可颁发“哈尔滨工程大学辅修学士学位证书”或“哈尔滨工程大学辅修专业证书”。

创新创业学分制度

为鼓励具有创新精神、创业意识和创新创业能力的学生，对参与完成创新创业课程、创新创业实践、学术创新、自主创业的学生，学校给予一定的创新创业学分认定。近年来，学校获“教育部‘首批深化创新创业教育改革示范高校’”“全国创新创业典型经验高校”“全国高校实践育人创新创业基地”“全国深化创新创业教育改革特色典型经验高校”以及“黑龙江省深化创新创业教育改革示范高校”等荣誉称号，“哈船众创生态园”成为国家级众创空间、两学生创新团队连续获得全国“小平科技创新团队”称号、《点触云安全系统》、《海洋智能“中”端》两个项目获得中国“互联网+”大学生创新创业大赛金奖，E唯团队获国际水下机器人大赛世界冠军，在“挑战杯”大学生课外学术科技作品竞赛、全国大学生机器人大赛、全国海洋航行器设计与制作大赛等各类大学生创新创业竞赛中年均获省级、国家级、国际级奖项超千项，学校创新创业活动异彩纷呈，学生综合素质得到提升。